Angka Partisipasi Murni (APM) merupakan proporsi seluruh anak berusia sekolah yang sekolah dibandingkan denganseluruh anak yang berusia sekolah. Pada tahun 2019, APM SD sebesar 99,52 persen. Hal ini berarti di Kota Pekalongan hampir semua anak usia SD (7 – 12 tahun) sudah mendapatkan fasilitas pendidikan tingkat dasar. Sedangkan APM SLTP mencapai 71,85 persen, dan tingkat SLTA mencapai 54,81 persen.
Di tingkat pendidikan tinggi di Kota Pekalongan telah memliki beberapa Perguruan Tinggi di antaranya adalah :
| No | Nama Perguruan Tinggi | Alamat |
| 1 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pekalongan | Jl. Kusuma Bangsa No. 9 Pekalongan |
| 2 | Akademi Komunitas Negeri (AKN) Kota Pekalongan | Jl. Perintis Kemerdekaan No. 30 Pekalongan |
| 3 | Universitas Pekalongan (UNIKAL) | Jl. Sriwijaya No. 3 Pekalongan |
| 4 | Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Muhammadiyah Pekalongan | Jl. KH. Mas Mansyur No. 2 Pekalongan |
| 5 | Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Ilmu Komputer (STMIK) Widya Pratama Pekalongan | Jl. Patriot No. 25 Pekalongan |
| 6 | Poltekkes Negeri Semarang Program Studi Keperawatan Pekalongan | Jl. Perintis Kemerdekaan Pekalongan |
| 7 | Akademi Kebidanan Harapan Ibu | Jl. Sriwijaya No. 7 Pekalongan |
| 8 | Politeknik Pusmanu Pekalongan | Jl. Jenderal Sudirman No. 18C Pekalongan |
